이에 대해 과학기술계에서는 "이번 국과위 위상 강화는 다음 단계를 위한 큰 흐름을 만들었다는데 의미가 크다"고 환영하면서 "하지만 이번 결정의 시작은 출연연 개편 문제부터였는데 정작 본질은 거론조차 되지 않았다. 앞으로 국과위가 제 기능을 하기위해서는 과학기술 전문가들로 구성원을 편성해야 한다"고 조언했다.

안종석 출연연연구발전협의회 회장은 "국과위에 대한 정부의 발표에 환영하지만 출연연 개편에 대한 이야기가 빠져서 아쉽다. 이번에 조금이라도 논의를 했어야 한다"고 아쉬워 하면서 "국과위의 실질적인 출범은 내년 2월이나 4월경에 가능할텐데 그때 다시 출연연 개편안이 논의되면 실질적으로 MB정부에서 개편은 어려워진다"고 걱정했다.

이어 안 회장은 "대통령이 수장을 맡은만큼 출연연에 관심을 많이 갖겠지만 국가차원에서 제도 만들어 바로 진행되길 바란다"면서 "국과위가 제대로 기능을 하기 위한 예산과 배분, 조정평가 등 세부 조정안도 명확히 하길 기대한다"고 밝혔다.

민경찬 바른 과학기술사회 실현을 위한 국민연합 상임대표는 "이번 정부 발표에 기대가 많다. 국회에서 이를 통과 시키고 이후 출연연 문제도 종합적으로 다뤄질 수 있기를 바란다"면서 "예산권이 75%인데 효율적인 운영을 위해서는 구체적인 내용 분석이 필요하다"고 조언했다. 그는 이어 "이번에 선임된 민간위원들이 역할이 크다고 본다. 정부와 민간위의 지혜를 모으고 전문성과 자율성을 가미한 의견을 적극 개진해 주길 바란다"고 당부했다.

다른 과학계 인사는 "이번에 국과위 위상이 강화됐지만 실질적인 업무를 담당할 상임위원들의 역할이 중요하다. 또 내년 초에 국과위가 출범을 해도 다음 정부에서도 이 기구가 제 역할을 할 수 있도록 제도적으로 마련해야 한다"고 말하면서 "당장 내년도 예산 배분에 대한 언급도 필요하고 출연연 개편안에 대해서도 적극 진행해야 한다"고 강조했다.

P연구원은 댓글을 통해 "국과위 위상이 다시 모양을 갖추어 가는 과정으로 본다면 위상에 걸맞게 출연연 개편 방향을 시간적인 여유를 가지고 원점에서 새로 잡아가는 것도 나쁘지는 않다"고 기대감을 나타냈다. 또 다른 연구원은 국과위에 예산안 등 권한이 주어지는 것은 환영할만한 일이나 출연연 개편안이 빠졌다면서 출연연이 연구개발 핵심 주체로 위상을 확립할 수 있는 기회가 멀어 진것 같아 안타깝다고 밝혔다.

한국과학기술단체총연합회를 비롯한 과학기술계 29개 유관 단체는 1일 오후 성명을 내고 국가과학기술위원회의 위상과 기능을 강화하기로 한 정부 방침에 적극 환영의 뜻을 나타냈다. 이들 단체는 성명에서 "국가 R&D 정책의 종합 조정권을 위임받고, 75%의 예산 배분권을 행사하며 대통령이 위원장을 맡는 국과위의 위상은 과학기술 콘트롤타워 기능을 수행할 범부처적 독립 행정위원회로서 손색이 없어 보인다"고 평가했다.

단체들은 또 당초 장관급이나 부총리급으로 거론되던 국과위 위원장직을 대통령이 전격 맡기로 한데 대해서도 "국과위 강화에 힘을 싣기 위한 정부의 의지가 엿보여 다행스럽다"고 평가하고, 남은 과제인 정부 출연연 개편에 만전을 기해줄 것을 요청했다.

과학기술계 29개 단체는 "출연연 개편 방향은 효율성 제고와 함께 역사성과 정체성, 연구원의 자긍심을 지키는 것이어야 한다"며 "수 십년 간 존속해온 각 출연연은 대한민국 R&D의 역량과 신인도를 대표하는 국가 브랜드이며, 연구원의 자긍심과 사기는 국가 R&D 발전의 원초적 동력임을 잊어서는 안 될 것"이라고 강조했다.

한편 이번 공동 성명서는 미리 성명서를 낸 '바른과학기술사회실현을 위한 국민연합'을 제외한 29개 단체 및 유관기관이 참여했으며 전문 내용은 다음과 같다.