신 총장은 DGIST 재직 당시 LBNL(로렌스버클리 국립연구소)과의 연구협력 과정에서 연구비가 이중지급된 것이 아니냐는 의혹을 받고 있다.

지난 2013년 DGIST는 LBNL과 공동연구 협약을 맺었다. DGIST는 연구비를 제공하고, LBNL은 연구 장비를 제공한다는 협약이다.

하지만 LBNL이 제공하는 연구 장비를 DGIST가 추가 사용료까지 지급하며 사용, 연구비를 중복으로 부담했다는 내용이 일부 언론에 보도됐다.

이와 관련해 신 총장은 "국제 연구협력은 두 국가 간 신뢰의 문제이므로 절대 이면계약은 존재할 수 없다"라며 "DGIST와 LBNL 사이에는 어떠한 이면계약도 없다"고 해명했다.

또 연구협력 추진과정에 총장이 깊이 개입했다는 논란에 대해 "모든 연구과제 제안서는 행정절차 상 총장의 직인을 받아 제출되지만 후배 연구자들과의 신뢰를 바탕으로 관행적으로 처리해왔기 때문에 이를 인지하지 못했었다"고 설명했다.

그는 "관계기관으로부터 소명을 요구받을 경우 단 한 점의 의혹도 없도록 투명한 진실규명을 위해 노력할 예정"이라고 밝혔다.

한편 과학기술정보통신부는 KAIST에 감사반을 보냈고 사실관계 확인을 위해 집중 조사에 들어갔다.