정부는 지난 3일 직무발명보상금 비과세 범위를 신설하는 등의 내용이 포함된 소득세법 시행령 개정안에 대해 법제처 심사와 차관회의·국무회의 심사, 대통령 제가를 마치고 확정 공포했다.

개정안은 직무발명보상금의 비과세 범위는 '대통령이 정하는 300만원 이하 금액을 말한다'라는 항목을 17조 3항에 신설했다. 이로써 올해 1월1일부터 발생한 기술료의 경우 300만원까지는 비과세지만 초과금액은 근로소득으로 인정, 세금을 내야한다.

예를 들면 기술이전금액이 1억원일 경우, 기존에는 4000만원은 법인에게 나머지 6000만원은 발명자에게 직무발명보상금으로 지급됐다. 하지만 앞으로 발명자는 6000만원이 아니라 300만원을 제외한 5700만원에 대해 소득세와 지방세, 의료보험료 납부 등 최대 40%까지의 세금을 떼고 받게된다.

기획재정부는 지난해 12월 29일 통합입법예고센터에 '소득세법 시행령 일부개정령(안)'을 입법예고하고 1월 19일까지 여론 수렴에 들어간바 있다.

당시 연구현장에서는 "과세에 대해 이의는 없다. 하지만 직무발명보상금의 비과세 규모를 중소기업에 맞춘 것으로 보인다. 연구현장의 기술이전료는 정부에서 주장하는 100만원이라는 평균하고 맞지 않는다. 현장을 모르는 탁상행정"이라며 이견을 제시했다. 몇몇 단체에서는 공동으로 의견서를 제출하기도 했다.

미방위 소속 국회의원들도 기재부의 개정안이 과학자들의 창의적인 연구활동과 기술사업화 촉진으로 경제 발전을 이끌겠다는 발명진흥법의 취지를 역행하는 것이라고 지적했었다.

기재부 관계자는 기존에 대법원이 기술료를 근로소득이 아니라고 판결한 것은 잘못된 것으로 법률을 명확히 바로 잡기 위해 입법예고를 하게된 것이라고 정부 입장을 밝힌 바 있다.

그간의 진행에 대해 기재부 관계자는 "입법 예고시 올라온 의견은 상부에 보고한다. 그러나 검토 수준이 아니면 이견이 있어도 시행을 확정하게 된다"면서 "개정안도 규제심사, 법제처 심사, 차관회의 심의, 국무회의 심의 등의 절차를 진행하지만 신설안보다 빠른 절차로 이뤄진다"고 설명했다. 이번 개정안은 여론 수렴 후 15일여만에 확정됐다.

이번 정부의 공포에 연구현장은 허탈한 심정을 감추지 못하고 있다. 기술료에 대한 과세보다 현장을 이해하지 못하는 정부의 결정에 안타까워했다.

출연연의 한 과학자는 "직무발명제도는 기술개발에 대한 투자확대와 지속적인 연구개발로 기술을 축적하고 혁신하며 개인에게는 개발의욕을 고취하기 위해 마련된 것"이라면서 "정부의 일방적인 확정에 사기가 떨어지는 것은 사실"이라고 토로했다.

또 다른 과학자는 "국민으로서 세금을 내는 것은 당연하다. 하지만 정부가 연구현장에 대한 이해없이 일방적으로 결정한 것은 우려된다"면서 "지금도 정부의 과도한 관리로 과제가 세분화되고 있는데 기술료마저 현장과 괴리감이 크면 정부의 행정처리에 대한 신뢰는 더욱 떨어질 것"이라고 걱정했다.