그는 "지금은 대학이 안 하는 연구가 없고 출연연 특화연구도 없다"면서 "출연연은 거대시설이나 수익사업으로 하기 어려운 연구, 미래 성장동력 기반연구, 공공사회기반기술, 국제협약, 표준사업 등을 해야 한다"고 피력했다.
 
그러면서 그는 "25개 출연연 종사자가 1만2000여명에 달한다. 사람을 자산이라고 생각하고 기존의 시설과 장비 중심이 아닌 인재를 중심으로 출연연을 운영해야 한다"며 "각 출연연의 임무를 명확히 하고 임무 중심의 질적 정성평가 등 기관 운영 자율성을 부여해야 한다"고 강조했다.
 
이어진 토론에서 부하령 대한여성과학기술인회장은 한국의 과학기술계를 예측한 바 있는 미래학자 엘빈토플러가 15년 전 지적했던 이야기가 아직까지 반복되고 있음을 안타까워했다. 부 회장은 "과학기술, 특히 연구분야는 어느 분야보다 앞서나가야 한다. 수평조직화하고 덜 관료화된 조직을 만들어야 우리가 좋은 연구를 할 수 있을 것"이라며 관료화 탈피를 위한 다양성을 강조했다.
 
안현실 한국경제신문 논설위원은 출연연이 원하는 기관운영의 자율성 확보 등을 위해서는 국민에게 출연연 존재이유 등을 설명할 수 있어야 한다고 역설했다.
 
그는 "과학기술은 군사정부 시절과 민주주의로 나눌 수 있다. 군사정부시절에 과학기술은 보호체제에서 계속 자랄 수 있었지만 민주화는 다르다. 민주화는 보호를 인정하지 않는다"며 "(과기부 해체 등)민주화로 인한 변화된 정치와 외부환경에 과학기술계가 예측을 하지 못한 결과"라고 꼬집었다.

또 그는 "과학기술의 필요성을 너무나도 공감하지만 그렇지 않은 국민도 많을 것"이라며 "국민들은 과학자들이 무조건 지원은 하되 간섭은 말라는 소리를 이해할 수 없을 것이다. 국민에게 왜 출연연이 필요한지 과학기술의 역할 등을 설명해야 할 것"이라고 말했다.
 
이장재 전 과총 정책연구소장도 "출연연은 우리가 세계적으로 자랑해야할 연구형태라 생각한다"며 "우리만의 출연연 모델을 자랑하고 모델링해야 한다. 이를 통해 정부와 국민을 설득하고 좋은 방향을 제시할 수 있을 것"이라고 말했다.
 
그는 "과학기술계와 정부가 갈등이 있지만 모든 주체가 똘똘 뭉쳐야한다"며 "새로운 결합을 통한 일종의 담론이 이뤄져야할 것"이라고 덧붙였다.
 
출연연에서 25년간 근무하다 국가과학기술연구회로 파견된 윤석진 본부장은 "R&D 혁신은 늘 탑다운이었다. 우리 스스로 혁신을 몸부림친 적이 있는지 자문하고 싶다"며 "출연연 미래방향은 넛 크래커 빠져있다. 출연연 임무를 명확하게 하지 않으면 앞서나가지 못할 것이다. 남은 임기동안 출연연 R&D 문화를 바꾸는데 노력하겠다"고 말했다.