ETRI 등 3개 기관 지방세무서 대상 소송 승소…5년간 과세 금액 환급 가능해져
2011년 이후분에 대해서는 경정청구 등 절차 남아

정부출연연구기관의 기술료 인센티브는 과세 대상이 아니라는 대법원의 판결이 나왔다.

ETRI(원장 김흥남), 한국생명공학연구원(원장 오태광), 한국화학연구원(원장 이규호)의 출연연 관계자에 따르면 지방세무서를 상대로 제기한 소득세 등 징수처분 취소 소송에서 각각 대법원 승소 확정판결을 받았다.

출연연 기술료 인센티브 과세 문제에 대해 '비과세' 판결이 내려짐에 따라 해당 논쟁이 일단락될 것으로 예상된다.

지난 2006년부터 정부출연연의 성격에 따라 기술료 과세를 다르게 적용해 논란이 되어 왔다.  

감사원은 지난 2011년 대전지방국세청에 대한 감사를 진행하면서 이에 대한 형평성 문제를 지적했고, 결국 2006년부터 2010년까지 비과세 적용을 받은 11개 출연연의 모든 연구자에게 세금과 과징금을 부과하기로 최종 결정했다.   

이에 따라, 해당 기관 소속 연구원들이 받은 기술료 인센티브의 20~30%가 소득세 추징금으로 부과됐다.    

그런 가운데 ETRI 등 3개 기관은 이 결정에 반발, 북대전세무서를 상대로 소득세 등 징수처분 취소 소송을 각각 진행해 왔고, 결국 대법원은 원고 최종 승소를 판결했다.

이번 판결에 따라, ETRI는 105억4800만원, 생명연은 8억2300만원, 화학연은 6억8000만원에 달하는 5년 동안의 추징 세금을 돌려받을 수 있게 됐다.

해당 기관 관계자는 "지난달  승소판결 이후, 기납부한 소득세를 환급받았으며, 주민세에 대해서는 청구중에 있는 것으로 알고 있다"고 말했다. 

기존 기술료 과세 기관들의 경우, 2006년부터 2011년까지의 과세금액이 시효 등을 이유로 환급이 어렵다. 하지만, 이후의 과세금액에 대해서는 경정청구 등을 통해 혜택을 받을 수 있을 것으로 예상된다.  

출연연 관계자는 "시효가 만료되어 2011년 이전의 징수금액은 환급이 안되는 것으로 알고 있다"며 아쉬워하면서도 "타 기관이 승소했기 때문에, 이후의 과세 금액에 대해서는 경정 청구 등을 통한 대응이 가능할 것"이라고 밝혔다.

앞으로 남은 절차는 쉽지 않다. 2011년 이후 각 기관별 연간 300~400명에 달하는 인원에 대해 연말 정산에 일일히 나서야 하며, 경정 청구 등의 절차를 진행해야 한다.  

출연연 관계자는 "한 감사관의 잘못된 판단으로 시간, 자금의 낭비를 초래하고 있다"면서 "2011년부터 2014년까지의 연말정산분을 경정청구하고, 원내 차원에서 회계법인과 대응할 것"이라고 피력했다.

한편, 연구현장에서는 이번 대법원의 판결에 대해 환영한다는 분위기다. 

과학계 한 원로는 "출연연의 성과에 대해 과세를 한다는 것 자체가 애초에 말이 안되는 얘기"면서 "이번 판결을 통해 연구현장에서 합리적 과세 정책이 이뤄져야 한다"며 목소리를 높였다. 

국가과학기술연구회 측은 "일부 기관에서 승소 판결이 나왔지만, 앞으로의 진행상황을 지켜봐야 한다"며 신중한 태도를 보였다. 

또 대전지방국세청 관계자는 "그 문제에 대해서 공식적으로 답변하기 어렵다"면서 즉각적인 답을 피했다. 

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