은행 정기예금에 해당하는 목돈급여는 회원의 여유자금을 관리해주는 제도로 500만원에서 5억원까지 가입할 수 있다. 가입기간은 6개월에서 3년까지이며 기간에 따라 3.75%에서 4.5%의 이자를 지급하고 있다.

목돈급여 금리는 시중은행과 비교할 때 약 2% 이상 높아 회원들의 호응이 매우 높은 편이다.

특히 만 60세 이상과 장애인, 독립유공자 및 국가유공상이자, 국민기초생활수급자는 3000만원까지 비과세로 운영하고 있다.

목돈급여는 이자와 원금을 3가지로 형태로 지급하고 있으며, 만기에 원금과 이자를 주는 '만기지급형', 매월 이자를 주고 만기에 원금을 지급하는 '이자지급형', 매월 원금과 이자를 균등하게 지급하는 '원리금지급형'이 있다. 

김영식 이사장은 "과학기술인들에게 더 많은 혜택이 돌아갈 수 있도록 현재에 안주하지 않고 국내 최고 수준의 공제회가 되도록 노력해 나가겠다"며 "앞으로 목돈급여의 일시금 지급 제도 이외에 10년 이상 연금형제도를 신설해 노후생활 안정에 기여하도록 발전시켜 나가겠다"고 말했다.

한편 과학기술공제회는 2004년 11월 과학기술인연금 등 사업시행 10년만에 자산 2조8000억원을 운용하는 기관으로 발전했으며, 2015년에는 자산 4조원에 도달할 것으로 전망하고 있다.